1. مرتب نمودن اوراق پرونده­های پزشکی به ترتیب شماره استاندارد.
2. کنترل شماره پرونده­های داده‌شده به بیماران از واحد پذیرش.
3. نظارت و کنترل بر ورود و خروج پرونده­ها.
4. پیگیری و کنترل تعداد پرونده­های تشکیل‌شده با تعداد پرونده­های تحویلی از واحد ترخیص.
5. مشخص شدن وضعیت پرونده در هر مرحله از چرخه سیر پرونده.
6. امحاء پرونده­ها منطبق با مدت‌زمان قانونی و خلاصه­برداری از پرونده­ها.
7. کنترل کمی و کیفی پرونده­ها و ممانعت از نقص مستندسازی پرونده­ها.

     
              

    بايگاني پزشكي :

• پرونده‌هاي پزشكي از واحد ترخيص تحویل گرفته می‌شوند و تاريخ ورود آنها در دفتر بايگاني ثبت می شوند.پرونده‌ها در پوشه قرارگرفته و شماره‌گذاری می‌شوند؛رنگ پوشه‌ها با توجه به رقم سوم از سمت راست انتخاب می‌گردد.
•  اوراق پرونده مطابق استاندارد به ترتيب شماره‌های موجود در برگ‌ها تنظیم‌شده و مشخصات پرونده روي پوشه ثبت می‌گردند. پرونده به واحد كدگذاري تحويل داده‌شده و بعد از کدگذاری دستی کد در برنامه HIS ثبت می‌گردد.سپس از نظر نواقصات پرونده بازبيني و کنترل‌شده، در صورت ناقص بودن به واحدها جهت رفع نقص پرونده اطلاع داده می‌شود.مسئولین بایگانی هنگام خارج کردن پرونده‌ها از قفسه کارت جایگزین به‌جای آن‌ها قرار می‌دهند.
•  بعد از خروج پرونده مورد نظر به عنوان پرونده درخواست شده در سیستم ثبت می‌شود، این کار باعث ساده شدن پیگیری‌های بعدی جهت برگرداندن پرونده می‌گردد. پاسخ به مكاتبات و نامه هاي رسيده و واگذاري اطلاعات مطابق بخشنامه و پاسخ به درخواست پرونده از بايگاني به واحدهاي مختلف و يا پژوهشگران از وظایف این بخش می‌باشد. كنترل نهايي پرونده از نظر كمي و كيفي و بايگاني پرونده در قفسه مربوطه (با استفاده از شماره وسط) توسط این بخش انجام می‌گیرد. مدت زمان نگهداري قانوني پرونده مطابق با بخشنامه‌های موجود و اقدام به امحا پرونده‌ها و تهيه خلاصه پرونده (برگ پذيرش و خلاصه ترخيص ،برگ خلاصه پرونده ، برگ بيهوشي ، برگ گزارش عمل جراحي ، برگ دستورات پزشك )، جدا نمودن اوراق قابل امحاء از اوراقي كه بايد نگهداري شوند، انجام می‌گیرد.